学生社团的宗旨在于汇集兴趣相同的同学,以社团活动形式自我培养、自我成长,从而促进学生发展兴趣、自我规划、自主实践、自我教育,同时营造校园文化氛围。北大附中社团现分为中心社团、注册社团、自发社团。其中,中心社团为官方认定社团,允以冠名“北大附中”字样,由学校相关部门分别进行设立、认定、支持和管理,配有指导教师,但非课程化运营模式,在完成学校交办的任务之余积极组织开发社团特色活动。注册社团由校团委统筹,学生自主管理,并通过社团联盟协调相关活动及学校资源。